秦桧陷害岳飞是有深层次原因的，我下面就根据当时的形势分析一下。
岳飞1126年在相州参加了赵构为大元帅的宋朝军队。后来独当一面，逐步建立起一支战斗力强大的“岳家军”，在以后的十多年间，先后和金军进行了几百次战斗，收复了大片失地。
在这种形势下赵构和秦桧坐不住了，岳飞照这样打下去的后果让他们很害怕，所以才要害岳飞。而陷害岳飞的过程看似秦桧是主谋，实际上背后的赵构才是要杀害岳飞的幕后主使，我这里不是替秦桧开脱罪责，下面的分析中就可看出端倪。
第一，岳家军以“还我河山”、“迎回徽、钦二帝”为口号，势如破竹，勇不可挡，一但实现目标，虽然徽宗已死，钦宗还在，如果回到京城，高宗赵构的皇位会受到严重威胁，所以赵构内心深处的想法是不愿意看到这种局面出现的，才会授意秦桧千方百计的要置岳飞于死地。
第二，岳飞和他的岳家军，十几年来浴血奋战，已经收复大片失地。全国上下一片赞颂之声，岳飞的声誉日隆，赵构惧怕岳飞功高盖主，对自己的统治有威胁，所以才下决心派秦桧除掉岳飞。
第三，秦桧随徽、钦二帝到了北国，靠摇尾乞怜和见风使舵，取得了金国大将挞懒的信任，并随挞懒进攻南宋，还曾经向楚州守军写过劝降书。种种迹象表明，秦桧很可能在回国之前同金人达成了某些丧权辱国的协议，而这个协议里很可能有“必须杀了岳飞，才能议和”的先决条件，所以秦桧回朝后才会不遗余力的陷害岳飞，并最终以“莫须有”的罪名，杀害了这位民族英雄。
以上仅是我个人观点，不一定全面，欢迎批评指正。
